La amilopéctina tambien es un polímero de a-D-glucosa unidos entre sí por enlaces glicosídicos a-1,4. Pero, la amilopéctina posee ramificaciones que se originan cuando dos moléculas de glucosas se unen formando en laces a-1,6. Estas son mucho más frecuentes que en la amilasa (recuerde que en la amilosa tambien ocurren muy de vez en cuando ciertas ramificaciones). Se ha calculado que en la amilopéctina cada 20-25 subunidades de glucosa ocurre una ramificación a-1,6. La amilopéctina posee un peso molecular elevado en el orden de 100.000.000 ( la amilosa es de solo 250.000). Esto hace que la amilopéctina tenga aproximadamente cerca de 600,000 moléculas de glucosa en su estructura.
Debido a la naturaleza ramificada de la amilopéctina sus cadenas se las clasifican en A, B y C. Las cadenas A son las cadenas de glucosa unidas por a-1,4, las cadenas B son aquellas que poseen a-1,4 y a-1,6, mientras que las C poseen a-1,4 y a-1,6 y además un grupo reductor libre (la ultima glucosa libre que no se une a nada). Así pues, las A no poseen ramificaciones y las B sí,: las cadenas C también tienen ramificaciones y, además, es donde finaliza la molécula.
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